具體的質量體系認證過程總體上分為五個階段：認證申請、受理申請、體系審核、審批與注冊發證、監督管理。
認證申請：企業可在決定是否申請認證之前向任何一個認證機構索取有關制度的住處包括認證規則、公開文件，各項規定、其它有關資料（這些資料均免費提供）。企業向其自愿選擇的某個體系認證機構提出申請，按認證機構要求提交申請文件，包括企業質量手冊、程序文件等體系文件。
受理申請：認證機構收到申請方的正式申請后，將對申請方的申請文件進行審查，包括填報的各項內容是完整和正確及質量手冊的內容總體上是否覆蓋了相應質量合格保證模式標準的要求等。經審查若符合規定的申請要求，決定接受申請，由認證機構向申請方發出“受理申請書”，雙方簽訂合同，并通知申請方下一步的工作安排等。
體系審核：體系認證機構指派數名國家注冊審核員實施審核工作，包括文件審查、現場檢查前的準備，到企業現場進行評定，審核結束提交審核報告等。
審批與注冊發證：認證機構按程序審核，通過后頒發證書、注冊并向社會公告。
監督管理：在證書的有效期內，認證機構每年對企業至少進行一次監督審核，根據企業的質量體系運行情況，按規定，分別予以保持、暫停及撤消/注銷企業的質量體系認證證書。
